La misma DB funciona totalmente distinto en 2 servidores distinto

Tengo la Db de desarrollo, con un servidor de 2 cpu.. y de 2 GB de RAM Tome un query , de ejemplo , bien complejo. El tiempo de ejecución en el mismo es de 43 seg.
Por el otro lado tengo otro server con 8 CPU y 4 GB de RAM. Ahora con la misma DB el tiempo de ejecucion es de 1h 20 minutos .... Por que se da esto ?
Actualizamos las estadísticas y regeneramos todos los indices de la DB y no hay forma de que esto cambie en este servidor.... Que puede estar pasando. ?
Lo mismo pasa en los servidores de produccion y de testing que tienen esta ultima configuración.
Les aclaro que todo lo mencionado esta montado sobre VM-Ware. el servidor de base de datos es SQL 2000 SP4.
Desde ya gracias por los aportes que puedan brindar.