Optimizar consulta SQL

Que tal amigos, resulta que tengo unos problemas con unos querys de SQLen un paquete de SSIS, en SQL Server 2005 ó lo que se llamaba DTS enSQL Server 2000, el caso es que uno de los querys esta tardando muchoen hacer las operaciones, la tabla contra la que hago el FULL JOINestoy probando con 1200 registros, se esta tardando aproximadamente 6minutos el query, y queria saber de que forma lo puedo optimizar paraque tarde menos, he intentado varias cosas como ahorrar unos SUBSTRINGque debo utilizar para sacar cierto número de digitos y meterlos enotra tabla antes de hacer el join pero aún asi tarda mucho, no estoyusando SELECT * y el DISTINCT lo debo utilizar que he leido que son lascosas que hay que evitar a la hora de optimizar consultas, entre otrascosas. aqui dejo el query para mas o menos poder ilustrar la operación,saludos

IF (SELECT COUNT(1) FROM cencostos) > 0
BEGIN
INSERT CuentasCeco
SELECT DISTINCT
SUBSTRING(cod_centro,1,7) +
SUBSTRING(RTRIM(LTRIM(ISNULL(ACTNUMBR_1,'')))+
RTRIM(LTRIM(ISNULL(ACTNUMBR_2,'')))+
RTRIM(LTRIM(ISNULL(ACTNUMBR_3,'')))+
RTRIM(LTRIM(ISNULL(ACTNUMBR_4,'')))+
RTRIM(LTRIM(ISNULL(ACTNUMBR_5,'')))+
RTRIM(LTRIM(ISNULL(ACTNUMBR_6,'')))+
RTRIM(LTRIM(ISNULL(ACTNUMBR_7,'')))+
RTRIM(LTRIM(ISNULL(ACTNUMBR_8,''))),8,17)
,SUBSTRING(ACTDESCR,1,51)
,SUBSTRING(RTRIM(LTRIM(ACCTTYPE)),1,3)
,SUBSTRING(cod_centro,43,4)
,SUBSTRING(cod_centro,1,7)
FROM cencostos FULL JOIN gl00100 Cu ON 1=1
WHERE NOT EXISTS(
SELECT ACTINDX FROM gl00100 WHERE RTRIM(LTRIM(ACTNUMBR_1))+
RTRIM(LTRIM(ACTNUMBR_2))+
RTRIM(LTRIM(ACTNUMBR_3))+
RTRIM(LTRIM(ACTNUMBR_4))+
RTRIM(LTRIM(ACTNUMBR_5))+
RTRIM(LTRIM(ACTNUMBR_6))+
RTRIM(LTRIM(ACTNUMBR_7))+
RTRIM(LTRIM(ACTNUMBR_8)) = SUBSTRING(cod_centro,1,7)+
SUBSTRING(RTRIM(LTRIM(cu.ACTNUMBR_1))+
RTRIM(LTRIM(cu.ACTNUMBR_2))+
RTRIM(LTRIM(cu.ACTNUMBR_3))+
RTRIM(LTRIM(cu.ACTNUMBR_4))+
RTRIM(LTRIM(cu.ACTNUMBR_5))+
RTRIM(LTRIM(cu.ACTNUMBR_6))+
RTRIM(LTRIM(cu.ACTNUMBR_7))+
RTRIM(LTRIM(cu.ACTNUMBR_8)),8,17))
AND SUBSTRING(cod_centro,1,7) +
SUBSTRING(RTRIM(LTRIM(ISNULL(ACTNUMBR_1,'')))+
RTRIM(LTRIM(ISNULL(ACTNUMBR_2,'')))+
RTRIM(LTRIM(ISNULL(ACTNUMBR_3,'')))+
RTRIM(LTRIM(ISNULL(ACTNUMBR_4,'')))+
RTRIM(LTRIM(ISNULL(ACTNUMBR_5,'')))+
RTRIM(LTRIM(ISNULL(ACTNUMBR_6,'')))+
RTRIM(LTRIM(ISNULL(ACTNUMBR_7,'')))+
RTRIM(LTRIM(ISNULL(ACTNUMBR_8,''))),8,17) NOT IN (SELECT Expr1 FROM CuentasCeco)
END

INSERT INTO CuentasCeco
SELECT 'CODIGO_COMPLETO','DESCRIPCION','BCE','CC1','CC2'


laaplicación importa dos archivos de texto con información de cuentas ycentros de costos, luego eso se combina con la tabla gl00100, y de allise importa otro archivo de texto, que es el producto final que arrojael paquete

el archivo de costos.txt tiene una estructura como la siguiente:

3100000VP. EJE. PERSONAS Y NEG COMERCIALES0510

claro tiene varios registros, esa información se inserta en la tabla cencostos, a través de un BULK INSERT

el archivo de cuentas.txt tiene un estructura como la siguiente:

44702100061000044DEPRECIACION DE EQUIPOS AIRE ACONDICIONADO DET

deigual forma esa información se inserta en la tabla cuentas con el BULKINSERT, antes del query que coloque al principio, hay 2 que leanteceden, gracias.

disculpa mi ignorancia, pero que es el DTA, y que significa cluster index? gracias.